1. ศูนย์แห่งความเป็นเลิศทางวิชาการด้านวิจัยหลอดเลือดสมองแบบครบวงจร
(Center of Excellence in Integrated Science for Holistic Stroke Research)
หัวหน้าศูนย์ : รศ.นพ.สมบัติ มุ่งทวีพงษา
ได้รับการรับรองให้จัดตั้งเป็นศูนย์แห่งความเป็นเลิศทางวิชาการ เมื่อ 28 กันยายน 2555
2. ศูนย์แห่งความเป็นเลิศทางวิชาการด้านการแพทย์แผนไทยประยุกต์
(Center of Excellence in Applied Thai Traditional Medicine)
หัวหน้าศูนย์ : รศ.ดร.อรุณพร อิฐรัตน์
ได้รับการรับรองให้จัดตั้งเป็นศูนย์แห่งความเป็นเลิศทางวิชาการ เมื่อ 28 กันยายน 2555
3.ศูนย์แห่งความเป็นเลิศทางวิชาการด้านวิจัยเซลล์ต้นกำเนิด
(Center of Excellence in Stem Cell Research)
หัวหน้าศูนย์ : รศ.ดร.ศิริกุล มโนจันทร์
ได้รับการรับรองให้จัดตั้งเป็นศูนย์แห่งความเป็นเลิศทางวิชาการ เมื่อ 23 มิถุนายน 2557
4.ศูนย์แห่งความเป็นเลิศทางวิชาการด้านระบาดวิทยาประยุกต์
(Center of Excellence in Applied Epidermiology)
หัวหน้าศูนย์ : ศ.นพ.ภาสกร ศรีทิพย์สุโข
ได้รับการรับรองให้จัดตั้งเป็นศูนย์แห่งความเป็นเลิศทางวิชาการ เมื่อ 23 มิถุนายน 2557
5.ศูนย์แห่งความเป็นเลิศทางวิชาการด้านโรคระบบทางเดินอาหารแห่งมหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์
หัวหน้าศูนย์ : ศ.นพ.รัฐกร วิไลชนม์