1 ธันวาคม พ.ศ. 2536 คณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ได้อนุมัติให้จัดตั้งสาขาจิตเวชศาสตร์เป็นสาขาหนึ่งเพื่อจัดการเรียนการสอนวิชาจิตเวชศาสตร์ตามหลักสูตรแพทยศาสตร์บัณฑิต พ.ศ. 2533 ในสถานวิทยาศาสตร์คลินิก 

28 มีนาคม พ.ศ. 2538 เปิดให้บริการ “คลินิกสุขภาพจิต” สำหรับผู้ป่วยนอกเป็นวันแรก ภายใต้สังกัดสาขาเวชศาสตร์ทั่วไปและครอบครัว โรงพยาบาธรรมศาสตร์เฉลิมพระเกียรติ โดยมีจิตแพทย์สาขาจิตแพทย์ทั่วไปเพียงสาขาเดียว

ปีพ.ศ. 2547 มีการปรับโครงสร้างใหญ่ของคณะแพทยศาสตร์ ส่งผลให้สาขาจิตเวชศาสตร์ย้ายจากสถานวิทยาศาสตร์คลินิกมาอยู่ในโครงการจัดตั้งสถานเวชศาสตร์ครอบครัว ชุมชนและฉุกเฉิน ซึ่งมีสำนักงาน “โครงการจัดตั้งภาควิชาจิตเวชศาสตร์” อยู่ชั้น 7 อาคารคุณากร คณะแพทยศาสตร์ และเริ่มมีอาจารย์จิตแพทย์เด็กและวัยรุ่น ให้บริการตรวจรักษาผู้ป่วยนอกที่มีอายุตั้งแต่ 5-15 ปี ณ “คลินิกสุขภาพจิต”

ปีพ.ศ. 2548 ได้มีการปรับโครงสร้างอีกครั้งหนึ่ง ส่งผลให้สาขาต่างๆ เปลี่ยนโครงสร้างเป็น “โครงการจัดตั้งภาควิชา” ซึ่งโครงการจัดตั้งภาควิชาจิตเวชศาสตร์จึงย้ายกลับมาสู่สถานวิทยาศาสตร์คลินิกอีกครั้ง และ“คลินิกสุขภาพจิต” ภายใต้สังกัดสาขาเวชศาสตร์ทั่วไปและครอบครัว โรงพยาบาธรรมศาสตร์เฉลิมพระเกียรติ

ระหว่างปีพ.ศ. 2548 – 2551 มีอาจารย์จิตแพทย์ประจำโครงการตัดตั้งภาควิชาจิตเวชศาสตร์ ดังนี้

• อ.นพ.อุดม ลักษณวิจารณ์
  (จิตแพทย์อาวุโส/ อาจารย์พิเศษ)
• อ.นพ.ธนู ชาติธนานนท์
  (จิตแพทย์อาวุโส/ อาจารย์พิเศษ)
• ผศ.ดร.นพ.ตะวันชัย จิรประมุขพิทักษ์
  (จิตแพทย์ทั่วไป)
• ผศ.พญ.ศุภรา เชาว์ปรีชา
  (จิตแพทย์เด็กและวัยรุ่น)
  รศ.พญ. วินิทรา นวลละออง
  (จิตแพทย์ทั่วไป)
• อ.พญ.ลำพู โกศัลวิทย์
  (จิตแพทย์ทั่วไป)

ปีพ.ศ. 2552 มีการขยายหน่วยงานและเพิ่มจำนวนของบุคลากร   โดยมีอาจารย์จิตแพทย์ทั่วไปเพิ่มขึ้นอีก 2 ท่าน คือ อ.นพ. ธรรมนาถ เจริญบุญ และ อ.พญ. มุทิตา พนาสถิตย์   และอาจารย์จิตแพทย์เด็กและวัยรุ่นเพิ่มขึ้นอีก 1 ท่าน คือ อ.พญ. ติรยา เลิศหัตถศิลป์  และได้ย้ายสำนักงาน “โครงการจัดตั้งภาควิชาจิตเวชศาสตร์” มายังอาคารกิตติวัฒนา ชั้น 5

ปีพ.ศ. 2553 ได้รับบุคลากรทางด้านจิตเวชศาสตร์เด็กและวัยรุ่น เพิ่มขึ้นอีก 1 ท่าน คือ อ.ดร.นพ. ไพรัตน์ ฐาปนาเดโชพล ซึ่งมีภาระงานสอนทั้งในโครงการจัดตั้งภาควิชาจิตเวชศาสตร์ และโครงการบัณฑิตศึกษา สาขาชีววิทยาระดับเซลล์และอณูชีววิทยา

ปีพ.ศ. 2555 สาขาจิตเวช ได้เปิดให้บริการหอผู้ป่วยในแผนกจิตเวชศาสตร์ ณ ชั้น 1 อาคารปัญจา สายาลักษณ์ รพ.ธรรมศาสตร์เฉลิมพระเกียรติ แบ่งเป็น ห้องชายรวม 4 เตียง ห้องหญิงรวม 4 เตียง และห้องพิเศษเดี่ยว 2 ห้อง รวม 10 เตียง

ระหว่าง ปี พ.ศ. 2555 – 2557  ภายหลังเหตุการณ์มหาอุทกภัยปี 2554 มีการปรับปรุงพื้นที่ และขยายบริการด้านสุขภาพจิตและจิตเวช โดยขยายพื้นที่ห้องตรวจ ณ “คลินิกสุขภาพจิต” ณ ชั้น 1 อาคารมรว.สุวพรรณฯ เป็น 10 ห้องตรวจ และมีห้องกิจกรรมบำบัดและห้องหัตถการ รวมทั้งได้รับจิตแพทย์และสหวิชาชีพด้านจิตเวชเพิ่ม ได้แก่ จิตแพทย์สาขาจิตเวชศาสตร์ทั่วไป จิตแพทย์สาขาจิตเวชศาสตร์เด็กและวัยรุ่น นักจิตวิทยาคลินิก นักกิจกรรมบำบัด นักสังคมสงเคราะห์ และนักจิตวิทยาพัฒนาการ

ปีพ.ศ. 2557  สำนักงาน “โครงการจัดตั้งภาควิชาจิตเวชศาสตร์” ได้ย้ายสำนักงานมายังอาคารกิตติวัฒนา ชั้น 6 และต่อมาเปลี่ยนชื่อเป็น “ภาควิชาจิตเวชศาสตร์”

1 กรกฎาคม พ.ศ. 2558 “ภาควิชาจิตเวชศาสตร์” เปิดการเรียนการสอนหลักสูตรการฝึกอบรมแพทย์ประจำบ้านเพื่อวุฒิบัตรแสดงความรู้ความชำนาญในการประกอบวิชาชีพเวชกรรม สาขาจิตเวชศาสตร์ เป็นปีแรก จำนวน 2 อัตราต่อปีฝึกอบรม โดยแพทย์แพทย์ประจำบ้านชั้นปีที่ 1 รุ่นแรก คือ พญ.ธนพร หงษ์คณานุเคระห์ และ นพ.ปริญทัศน์ เนตรสุวรรณ

ปีพ.ศ. 2560   “คลินิกสุขภาพจิต” ได้แยกโครงสร้างหน่วยงานออกจากสาขาเวชศาสตร์ทั่วไปและครอบครัว ออกมาเป็นหน่วยงานเฉพาะ คือ “การพยาบาลผู้ป่วยนอกสาขาจิตเวช” มีหน่วยให้บริการคือ “คลินิกสุขภาพจิต” ซึ่งตั้งอยู่ในพื้นที่เดิมของโรงพยาบาล และ “หอผู้ป่วยปัญจา 1” ซึ่งเป็นหอผู้ป่วยในแผนกจิตเวชศาสตร์ ณ ชั้น 1 อาคารปัญจา สายาลักษณ์ ขยายศักยภาพการให้บริการเป็น 12 เตียง แบ่งห้องชายรวม 4 เตียง ห้องหญิงรวม 4 เตียง ห้องพิเศษเดี่ยว 2 ห้อง และห้องแยก seclusion room 2เตียง พร้อมทั้งให้เปิดบริการการรักษาด้วยไฟฟ้าโดยใช้ยานำสลบ (modified electroconvulsive therapy; mECT) ที่ห้องผู้ป่วยปัญจา 1 จากเดิมที่เคยให้บริการที่ห้องผ่าตัดเล็กของโรงพยาบาล

30 มิถุนายน พ.ศ. 2561 แพทย์แพทย์ประจำบ้านรุ่นแรก คือ พญ.ธนพร หงษ์คณานุเคระห์ และ นพ.ปริญทัศน์ เนตรสุวรรณ ได้สำเร็จการเรียนการสอนหลักสูตรการฝึกอบรมแพทย์ประจำบ้านเพื่อวุฒิบัตรแสดงความรู้ความชำนาญในการประกอบวิชาชีพเวชกรรม สาขาจิตเวชศาสตร์ และสอบผ่านวุฒิบัตรเพื่อแสดงความรู้ความชำนาญในการประกอบวิชาชีพเวชกรรม สาขาจิตเวชศาสตร์

ปีพ.ศ. 2565 “ภาควิชาจิตเวชศาสตร์” ได้รับอนุมัติให้เพิ่มศักยภาพการเรียนการสอนหลักสูตรการฝึกอบรมแพทย์ประจำบ้านเพื่อวุฒิบัตรแสดงความรู้ความชำนาญในการประกอบวิชาชีพเวชกรรม สาขาจิตเวชศาสตร์ เป็นจำนวน 3 อัตราต่อปีฝึกอบรม