ภาควิชาฯ ได้รับการรับรองจากแพทยสภาและราชวิทยาลัยศัลยแพทย์ออร์โธปิดิกส์ แห่งประเทศไทยให้เป็นสถาบันฝึกอบรมแพทย์ประจำบ้านสาขาศัลยศาสตร์ออร์โธปิดิกส์ เมื่อปีพุทธศักราช 2548 โดยมีแพทย์ประจำบ้านรุ่นแรกจำนวน 3 คน ต่อมาได้มีการขยายตำแหน่งเพิ่มขึ้นโดยสามารถรับได้ 6 ตำแหน่งต่อปี
ภาควิชาออร์โธปิดิกส์ คณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ได้มีจัดการเรียนการสอนที่เหมาะสม อันประกอบด้วยการบรรยาย การเรียนจากผู้ป่วยที่น่าสนใจ การเรียนร่วมกับสหสาขาในการดูแลผู้ป่วยออร์โธปิดิกส์ การฝึกผ่าตัดและหัตถการเพื่อมุ่งหวังผลิตแพทย์ออร์โธปิดิกส์ที่มีความรู้ตามมาตรฐาน มีทักษะการผ่าตัดที่ดีและมีจริยธรรมและความรับผิดชอบสูงในการรักษาผู้ป่วย
เพื่อพัฒนาความชำนาญในการผ่าตัดแก่แพทย์ออร์โธปิดิกส์ อย่างต่อเนื่อง ภาควิชาได้จัดการฝึกอบรม เช่น การฝึกผ่าตัดส่องกล้องข้อเข่า ข้อไหล่ ข้อสะโพก ข้อมือ ข้อเท้า การฝึกผ่าตัดทางจุลยศัลยกรรม การสอนแสดงการผ่าตัดที่มีการถ่ายทอดสดจากห้องผ่าตัดมาสู่ห้องประชุม และภาควิชาได้ร่วมกับภาควิชากายวิภาคศาสตร์และคณะแพทยศาสตร์ จัดตั้งศูนย์ฝึกการผ่าตัดในศพสดเพื่อพัฒนาด้านการเรียนการสอนสำหรับแพทย์แพทย์ประจำบ้านและแพทย์ประจำบ้านต่อยอด ทั้งในภาควิชาแพทย์จากต่างสถาบันและจากต่างประเทศ
