ภาควิชาได้เปิดการฝึกอบรมแพทย์ประจำบ้านต่อยอด ได้แก่อนุสาขา ออร์โธปิดิกส์บูรณสภาพ (Adult reconstructive surgery) เวชศาสตร์การกีฬา (Sports Medicine), ศัลยศาสตร์ทางมือและจุลศัลยศาสตร์ (Hand and Microsurgery), การผ่าตัดโรคทางกระดูกสันหลัง (Spine Surgery) และอนุสาขาการผ่าตัดเท้าและข้อเท้า (Foot and ankle surgery)
ภาควิชาออร์โธปิดิกส์ คณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ยังได้มีจัดการฝึกอบรมเพื่อพัฒนาความชำนาญในการผ่าตัดแก่แพทย์ออร์โธปิดิกส์อย่างต่อเนื่อง เช่น การฝึกผ่าตัดส่องกล้องข้อเข่า ข้อไหล่ ข้อสะโพก ข้อมือ ข้อเท้าการฝึกผ่าตัดทางจุลยศัลยกรรมการสอนแสดงการผ่าตัดที่มีการถ่ายทอดสดจากห้องผ่าตัดมาสู่ห้องประชุม และภาควิชาได้ร่วมกับภาควิชากายวิภาคศาสตร์ และคณะแพทยศาสตร์ จัดตั้งศูนย์ฝึกการผ่าตัดในศพสดเพื่อพัฒนาด้านการเรียนการสอนสำหรับแพทย์แพทย์ประจำบ้านและแพทย์ประจำบ้านต่อยอด ทั้งในภาควิชาแพทย์จากต่างสถาบันและจากต่างประเทศ
